許多眼部問題與免疫系統有關
眼睛非常敏感，只要受到任何外來物質侵襲或可能發生過敏時，眼睛就會馬上對身體發出警訊而出現紅腫、淚流或發癢的現象。眼睛所分泌的淚水含有一種溶菌酶，具有殺菌功能。而眼睛的這些功能都必須依靠免疫系統的強力支援。
正常運作的免疫系統能為眼睛預防許多惱人疾病。免疫系統一旦衰弱或失調，將導致細菌、病毒、微生物或黴菌等外來感染源容易入侵身體，造成發炎和諸多不適症狀。例如：乾燥症候群（Sjogren's syndrome）、角膜炎、砂眼、麥粒腫（俗稱針眼）等。
乾燥症候群是一種自體免疫性疾病，眼睛乾燥、口乾是判定乾燥症候群的兩種典型症狀。更年後期的女性為乾燥症候群的好發對象。角膜炎（眼角膜發炎）大多起因於細菌或病毒感染，孱弱的免疫系統會增加感染的機率。身體疲勞或壓力過大導致免疫力低下時，眼部很容易因細菌感染而誘發麥粒腫，導致眼皮內外生長疼痛的腫塊。砂眼也是細菌感染而引發的眼部問題，不僅具傳染性，還導致了全世界8百萬的失明人口。
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