益生菌的顧慮
- 菌株數量
腸道菌群包含至少1,000種細菌，然而益生菌產品中僅含有少量的菌株。這類產品中添加了少量的菌株後，其實並不足以對健康產生產品廣告中所宣稱的效果。此外，不同的益生菌產品中，所使用的細菌品種也不同。不同人食用益生菌產品的效果可能也不同。
- 益生菌是否可以承受胃酸？
益生菌產品往往宣稱其中含有數十億活躍的、對健康有益的細菌。但胃酸會破壞由食物攜帶進入胃部的細菌。因此必須食用大量的益生菌，才能確保經過胃部後還有足夠的數量存活下來，並且能夠到達腸胃道末端的作用部位。
研究指出，益生菌無法固定停留於腸道內，一旦停止食用就會被迅速排出腸胃道。因此，想要維持益生菌的功效就須持續食用。
- 安全性
能夠大力支持使用益生菌的科學依據還很少。美國食品與藥物管理局（FDA）以及歐盟都沒有批准任何益生菌的健康療效聲明。多年來，諸如促進消化道系統健康、有助於對抗感冒和流感病毒，以及促進規律排泄、減少腹瀉發生率、縮短腹瀉時間等的療效聲明，已經在法律訴訟中操遭到強烈的質疑。
人們對益生菌產品品質的顧慮也日漸增加。在1999年的一項研究當中，50種益生菌產品接受了檢測；其中含有真正的活性微生物產品，竟少於標籤上所示的含量。更嚴重的是，其中的某些產品更含有細菌物染物，對健康具有潛在的危害。
能夠證明益生菌的安全性、特別是長期食用之安全性的資料尚且不足。對於有健康問題的族群，益生菌導致嚴重副作用的風險將更大。
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